สำหรับการดำเนินเรื่องของ คดี ลึก ตึก ลับ Vanishing Point จะบอกเล่าเรื่องราวที่เกิดขึ้นใน อพาร์ตเมนต์แห่งหนึ่ง มองเผินๆเป็นแค่ห้องพักธรรมดาทั่วไป แต่ใต้ประตูกับเต็มไปด้วยความลับอันดำมืด ที่เก็บซ่อนอยู่ ซึ่งเนื้อเรื่องจะพูดถึง 3 คดี ที่มีความเชื่อมโยงกัน
เรื่องเกิดขึ้นในเช้าวันหนึ่ง ลูกชายของ ถังยวี่ ได้หายตัวไปอย่างลึกลับ ทั้งๆที่อยู่โถงบันไดของอาคาร เมื่อดูกล้องวงจรปิด ไม่พบว่ามีเด็กเดินออกไปจากตึกเลย สิ่งที่น่าสงสัยคือเพื่อนบ้าน ดูเหมือนว่าพยายามปกปิดอะไรไว้อยู่
- คดีศพปริศนาถูกซ่อนในห้องพัก
จะพูดถึงชายหนุ่มอย่าง หยวนอู่ ที่ชีวิตต้องพังทลาย เพราะติดหนี้การพนัน เมื่อพ่อของเขาเสียชีวิต จึงพยายามซ่อนร่างของพ่อตัวเองไว้ในห้องเช่า เพราะต้องการเงินบำนาญ แต่เหตุผลของเขากับมากกว่าเรื่องเงิน และมีคนในอาคารรู้เห็นเป็นใจด้วย
- คดีหญิงสาวถูกล่วงละเมิดในห้องพัก
เมื่อ 6 เดือนก่อน หลินยวี่ถง เธออาศัยอยู่ห้องเพียงคนเดียว แต่กับมีบุคคลลึกลับเข้ามาทำร้าย แต่ทางเจ้าหน้าที่กับจับตัวคนร้ายมาลงโทษไม่ได้ เพราะไม่พบตัว แต่เบาะแสชวนระทึกว่าคนร้ายอาจเป็นคนที่อาศัยอยู่ใกล้ตัวเธอมากกว่าที่คิด
